"In the desk" 这个说法是正确的，它表示物品在书桌内部或者书桌的内部。
下面是一些使用 "in the desk" 的例句：
I found a pen in the desk. (我在桌子里面找到了一支笔)
Can you check if there's an eraser in the desk? (你能不能检查一下书桌里面有没有橡皮擦?)
She kept her diary in the desk. (她把日记放在桌子里面)
请注意，如果您想表示书桌在某个物品里面，可以使用 "inside the desk" 这个说法。